媒體報導12年國教免試入學方案，因為行政院閣員認為免試入學爭議大，到了民國103年仍然會維持考基測。教育部長吳清基表示，行政院長吳敦義並沒有做出在民國103年維持考試招生的決議，並且教育部規劃12年國教25%特色招生和75%免試入學的方案，也並沒有改變。
媒體報導行政院在29號開會針對12年國教免試入學方案進行討論，結果教育部提出的25%特色招生、75%免試入學的方案，遭到多名閣員認為招生方式內容不明而反對，最後由行政院長吳敦義裁示在民國103年仍然維持考試招生，後續免試入學該如何推動，則請教育部再提方案，媒體質疑恐怕會因為行政院閣員認為免試入學爭議大，到了民國103年仍然會維持考基測，而使免試入學的政策跳票。
教育部長吳清基表示，吳敦義院長日前召開委員會，雖然閣員有不同意見，不過，院長最後只做了12年國教入學方式和就學區規劃影響層面深遠，請教育部審慎研議，並在一週內再討論的裁示，並沒有如媒體報導在民國103年仍然維持考試招生的決議，同時，馬英九總統在今年元旦文告也曾經指出，民國103年高中職學生全面免學費，大部份免試入學，因此，教育部規劃12年國教實施計畫是依據這個方向來訂定入學方式，也就是25%特色招生、75%免試入學的方案並沒有改變。
吳清基部長強調，教育部除了會向行政院針對12年國教入學方式和入學區規劃再進行說明，另外，有關12年國教計劃，教育部也召開200次以上的會議，並在地方召開公聽會，聽取家長會和教師會等各界的意見，這項方案在還沒有經過行政院核定之前，教育部仍然虛心接受大家的建議。